股份代持協議一般存在以下法律風險
1.股份代持協議效力糾紛
如果股份代持協議的內容沒有違反國家法律的規定，主要是沒有以合法形式掩蓋非法目的的、沒有惡意串通損害他人利益等情形的，一般股份代持協議是合法的。但是，這種合法也僅限于簽訂協議的雙方之間，對第三人沒有約束力。
另外，根據中國法律規定，中國有些產業限制外國投資者（包括港、澳、臺投資者）投資或者禁止外國投資者投資。如果外國投資者規避中國法律規定，通過股權代持方式進入相關行業，根據最高人民法院的相關司法解釋，此時實際出資者和名義股東之間的股份代持協議會因違反中國法律規定而被認定為無效。
2.股份代持協議實際出資人不進行工商登記存在的法律風險
登記在工商管理部門的股東是接受委托的持股代理人，并不是實際的出資人，但是，對外而言，股東資格的確認依據的是股東出資證明書和工商登記，股份代持協議實際出資人雖然出資但是自己的名字并不顯示在工商登記資料上，就容易存在以下法律風險：
（1）股東的身份不被認可。由于股份代持協議實際出資人的姓名并不記載于工商登記資料上，那么在法律上股份代持協議實際出資人的股東地位是不被認可的，股東的表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權等一系列的權利都需要由代持股人行使，必然導致風險的存在。同時代持股人轉讓股份、質押股份的行為，股份代持協議實際出資人都很難控制。
（2）代持股人惡意損害實際股東的利益。包括代持股人濫用經營管理權、表決權、分紅權、增資優先權、剩余財產分配權等權利給股份代持協議實際出資人造成的財產損失。
（3）由于代持股人自身原因導致訴訟而被法院凍結保全或者執行名下的代持股權。當代持股人出現其他不能償還的債務時，法院和其他有權機關可以依法查封上述股權，并將代持股權用于償還代持股人的債務。股份代持協議實際出資人如果未能及時阻止，只有依據股份代持協議向代持股人主張賠償責任。
（4）代持股人意外死亡引發繼承或離婚糾紛等。如果代持股人意外死亡，則其名下的股權作為財產將有可能涉及繼承或離婚分割的法律糾紛。股份代持協議實際出資人不得不卷入相關糾紛案件中，才能維護自己的財產權。
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