一、庫存有商品處理辦法
1.賬面庫存與實物庫存不符時，首先進行庫存商品盤點。
如果賬面庫存大于實際庫存，說明有商品銷售不記賬，將賬面庫存金額大于實物庫存的差額計算補交增值稅；如果賬面庫存小于實際庫存，說明有購進貨物不記賬，應將貨物退還給銷貨方。
2.賬面庫存與實物庫存相符時，根據《財政部國家稅務總局關于增值稅若干問題的通知》（財稅〔2005〕165號）第六條規定，一般納稅人注銷時，其存貨不作為進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予退稅。也就是說，當賬面庫存與實物庫存相符時不補交增值稅，因為，“應交稅費——應交增值稅”會計科目貸方反映“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉出”等內容，不作進項稅額轉出處理就是不補交增值稅。
公司注銷中的往來賬處理不掉怎么辦?
二、庫存無商品但有留抵稅額處理辦法
1.期末留抵稅額是由于本期進項稅額大于本期銷項稅額形成的。如果沒有庫存，期末仍然有留抵稅額，原因有二：其一，售價低于成本銷售，其二，銷售商品不計收入，但銷售成本已結轉。
2.處理辦法。如果是因管理不善造成售價低于成本銷售，存貨可以作為資產損失專項申報，在營業外支出列支，留抵稅額做進項稅額轉出；如果是市場原因造成售價低于成本銷售，根據財稅〔2005〕165號文件規定，留抵稅額不予退稅。如果屬于銷售商品不計收入，但銷售成本已結轉，應做無票收入處理，補交增值稅，屬于逃稅的按征管法規定處罰。
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