增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證未能按照規定期限辦理認證、確認或者稽核比對的，經主管稅務機關核實、逐級上報，由省國稅局認證并稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
2、不能開具增值稅專用發票：納稅人提供人力資源外包服務，向委托方收取并代為發放的工資和代理繳納的社會保險、住房公積金，不得開具增值稅專用發票，可以開具普通發票；商業企業一般納稅人零售煙、酒、食品、服裝、鞋帽（不包括勞保專用部分）、化妝品等消費品，不得開具增值稅專用發票；應當辦理一般納稅人資格登記而未辦理的，按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項也不得開具增值稅專用發票；納稅人銷售舊貨不得自行開具或者代開增值稅專用發票。
3、不符合規定的增值稅發票：發票備注欄填寫項目不全的費用發票，是否存在應該填寫發票備注欄但是未填寫的發票，如：取得的運輸費發票、裝修費發票、施工費發票、房屋租金發票等等；發票章蓋得不規范，是否存在蓋章錯誤（蓋得財務章或者是公章）、蓋章模糊、或者未加蓋發票專用章等；專票填寫項目要齊全，字跡清楚，不得壓線、錯格。
4、虛開發票：發票與實際業務不吻合，取得商品跟你開具的發票不一樣，涉嫌虛開發票，這樣的費用發票不能報銷；沒有貨物或接受應稅勞務、應稅服務而為他人、為自己、讓他人為自己、介紹他人開具增值稅專用發票；有貨物購銷，提供或接受應稅勞務、應稅服務但為他人、為自己、讓他人為自己、介紹他人開具數量或者金額不實的增值稅專用發票。
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