因此，您應當按照全部的應稅銷售額計算繳納增值稅，但在稅務代開發(fā)票所繳納的增值稅，作為預繳稅款，允許在全部應交稅款中抵繳。
二、關于企業(yè)所得稅
企業(yè)所得稅一般按照按月（季）預繳，年終匯算清繳。
企業(yè)所得稅適用稅率25%，符合條件的小型微利企業(yè)，經主管稅務機關審批，可減按20%稅率計算繳納。
企業(yè)所得稅的征收方式有2種，一種是查賬征收，另一種是核定征收
1、查賬征收，是按照“實際利潤額”依照適用稅率計算繳納，而實際利潤額=利潤總額-以前年度待彌補的虧損額-不征稅收入-免稅收入。其中：利潤總額=營業(yè)收入-營業(yè)成本-營業(yè)稅金及附加-管理費用-銷售費用-財務費用+其他業(yè)務利潤+營業(yè)外收支+投資收益。
因此，實際利潤額不是您所講的（1000-100）的概念，因為，100元不代表貴公司的實際營業(yè)成本、費用和稅金（不含增值稅、企業(yè)所得稅）。
2、核定征收，是按照銷售（營業(yè)）收入*核定所得率*適用稅率計算繳納。其中：銷售（營業(yè)）收入包括：應稅銷售額、其他業(yè)務收入和視同銷售額，核定所得率是主管稅務機關根據行業(yè)不同事前設置的，一般幅度在5%-30%之間，具體到貴公司應當根據主管稅務機關確定的所得率計算，適用稅率25%，核定征收不適用20%的稅率。
因此，假定主管稅務局確定貴公司的核定所得率為10%，那么，貴公司應交企業(yè)所得稅=10000*10%*25*=250元。
同樣，在稅務代開發(fā)票所繳納的企業(yè)所得稅款，作為已預繳稅款，允許在全部應交企業(yè)所得稅稅款中抵繳。
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